现任校长 杜中臣
杜中臣，男，1963年出生，籍贯山东招远，中共党员，先后获得北京师范大学哲学学士、逻辑学硕士，法学博士等学位，2006年进入北京师范大学教育管理学院博士后流动站工作。北京师范大学哲学和社会学学院副教授。2007年3月份出任深圳北京师范大学南山附属学校书记、校长。
杜中臣校长有丰富的教育教学经验和管理经验，在北京师范大学哲学和社会学院，他曾连续担任了13届班主任，并历任级主任和系副主任。在高校教学中，他一直担纲主讲19届本科和硕士研究生课程，连续指导了5届逻辑学和思想政治教育研究生。获得了很好的学生评价和学校反响。
在个人所从事专业领域研究中，杜中臣校长成果显著。并且凭着他对教育的执着，他一直热衷于教育研究，并热切关注基础教育现状。曾先后多次在北京师范大学青年教师教学大赛获奖，有数篇论文在国级国内刊物上发表，出版了多部著作，其中《自然哲学范畴》获国家科研项目优秀奖。
由于身兼多职，杜中臣校长自深圳北京师范大学南山附属学校筹建之初，就一直是筹划者、组织参与者、建设和管理者，因此，这所学校从建校初期到今天，其成长和发展的各个环节他都十分了解。而对于这所学校的今天和未来的发展，杜中臣校长更是早已有了自己长远的打算。
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是全国著名的数学教育专家和中小学奥林匹克教育专家，长期担任中国教育学会中学数学教学专业委员会常务理事和北京数学教学研究会副理事长、陈校长从1989年起．担任北京师范大学第二附属中学负责教学管理的副校长．北师大二附中近年高考升学率达到100%，重点率在85%以上。